セブンイレブンに用事があり、nanacoカードをApple Payに取り込んでみました。Suicaの取り込みと同様に、カードは使用不可になります。
このカードは注意が必要で、カードの番号が変わるためか、nanacoチャージの設定が初期と同じように未設定となります。新規に設定するにはセブンカード系列に限定されるため、注意が必要です。
それとQUICPayもセットになったカードの場合、QUICPayは消滅します。昨今この機能を使う人は少ないのかもしれませんが、本来はJCBに手数料収入を与えるはずが、米国企業(Apple)にいろいろと持っていかれていると思います。
https://www.nanaco-net.jp/app/start/